V Sektorju za obračun in izplačilo stroškov dela pripravljamo navodila in pojasnila glede obračuna plač, drugih osebnih prejemkov in prejemkov iz drugega pogodbenega razmerja. Usklajujemo podatke s kadrovskimi službami, obračunavamo in izplačujemo plače, druge osebne prejemke in prejemke iz drugega pogodbenega razmerja ter pripravljamo poročila (npr. podatke za odmero dohodnine). Vodimo predpisane evidnece in nudimo pomoč pri pripravi pravnih podlag. Pripravljamo navodila za delo v blagajni. Vodimo evidence in postopke blagajniškega gotovinskega poslovanja, kontroliramo obračune stroškov službenih potovanj ter upravljamo z gotovino. Sodelujemo tudi pri usklajevanju analitičnih in sintetičnih evidenc poslovnih knjig proračunskih uporabnikov.