V Sektorju za upravljanje s sredstvi EU izvajamo naloge organa za potrjevanje zahtevkov resornih ministrstev za izplačilo prispevkov Skupnosti. V okviru delovnih nalog upravljamo s sredstvi evropske kohezijske politike za obdobje 2014-2020, preverjamo zahtevke za izplačilo, izvajamo povračila prispevka Skupnosti v državni proračun, pripravljamo in posredujemo zahtevke za plačilo na Evropsko komisijo ter pripravljamo računovodske izkaze. Upravljamo tudi s sredstvi Programa materialne pomoči  za najbolj ogrožene in izvajamo naloge plačilnega organa za sklade na področju notranjih zadev, Evropskega gospodarskega prostora ter Norveških finančnih mehanizmov.