V Sektorju za sistem posredne obdavčitve in carinski sistem smo odgovorni za pripravo sistemskih zakonskih in drugih rešitev za obdavčitev na področju posrednih davkov ter carin. Pripravo sistemskih rešitev s področja posredne obdavčitve in carinskega sistema usklajujemo z drugimi sektorji ministrstva, z organi v sestavi ministrstva, z drugimi državnimi organi kot tudi z zainteresirano javnostjo.

Sodelujemo s pristojnimi organi in službami drugih držav in mednarodnih organizacij v zvezi s sistemom posredne obdavčitve in carinskega sistema. V tem okviru Sektor sodeluje pri delu delovnih teles Evropske komisije in Evropskega sveta, OECD ter drugih mednarodnih asociacij. Sodelujemo pri oblikovanju zakonodaje EU na področju posredne obdavčitve, v delu, ki je harmionizirana na ravni EU, ter pri oblikovanju carinske zakonodaje, katere sprejem je v izključni pristojnosti EU, in mednarodnih sporazumov.

V Sektorju opravljamo tudi naloge v zvezi usklajevanjem področja okoljskih dajatev z vidika pristojnosti Ministrstva za finance.