V Sektorju za izvrševanje transakcij in upravljanje likvidnosti izvajamo naloge, povezane z zadolževanjem in upravljanjem dolga državnega proračuna, ter upravljamo likvidnost državnega proračuna. Hkrati upravljamo denarna sredstva sistema enotnega zakladniškega računa na način, da iz zbranih prostih denarnih sredstev subjektov javnega sektorja zagotavljamo možnost najemanja posojil, presežke denarnih sredstev pa nalagamo na denarnem trgu v poslovne banke, hranilnice, Banko Slovenije in državne zakladnice držav evropske monetarne unije. V sektorju pripravljamo tudi letni program financiranja državnega proračuna, ki predstavlja okvir za izvrševanje poslov zadolževanja in upravljanja z dolgom, organiziramo primarno vpisništvo za izdajanje državnih vrednostnih papirjev in vzdrževanje likvidnosti za državne vrednostne papirje na sekundarnem trgu ter sodelujemo z bonitetnimi agencijami pri pripravi ocen kreditnega tveganja Republike Slovenije. Na področju upravljanja denarnih sredstev pa skrbimo za njegov razvoj, tako na ravni države kot tudi občin.