V Sektorju za zaledne operacije in glavne knjige zakladnice izvajamo naloge, povezane s servisiranjem dolga državnega proračuna, ki zajemajo tekoče evidentiranje podatkov o enotah dolga državnega proračuna ter izvrševanje transakcij iz naslova dolga državnega proračuna. V sektorju vodimo poslovne knjige upravljavca denarnih sredstev sistema enotnega zakladniškega računa države, redno pripravljamo vsa zakonsko predpisana poročila ter sodelujemo pri oblikovanju podpore upravljanju denarnih sredstev sistema enotnega zakladniškega računa države in občin. Na podlagi podatkov bilanc stanja in poslovnih knjig pripravljamo tudi konsolidirano premoženjsko bilanco države in občin, ki prikazuje konsolidirano stanje premoženja države in občin ob koncu leta.