V Službi za upravni postopek na drugi stopnji s področja carinskih in davčnih zadev odločamo o pritožbah in drugih pravnih sredstvih, ki jih posamezniki in podjetja vložijo zoper odločitve Finančne uprave Republike Slovenije, tako da v upravnem postopku na drugi stopnji preverimo, ali je odločitev Finančne uprave pravilna in zakonita ter o tem izdamo odločbo.

V kolikor pritožnik po končanem postopku na drugi stopnji nadaljuje postopek upravnega spora pred Upravnim sodiščem Republike Slovenije, v tem postopku zastopamo Ministrstvo za finance. Zastopanje obsega predvsem podajanje odgovorov na tožbe pritožnikov in zastopanje na glavnih obravnavah pred sodiščem. Prav tako zastopamo Ministrstvo za finance v postopku upravnega spora, ki ga z vložitvijo revizije pri Vrhovnem sodišču Republike Slovenije lahko prične pritožnik, ki ni bil uspešen pred Upravnim sodiščem.