V ožjem Sekretariatu opravljamo naloge, ki se nanašajo na vodenje in usklajevanje opravljanja spremljajočih, organizacijskih in strokovno-tehničnih nalog, ki so skupnega pomena za vsa področja dejavnosti ministrstva. Spremljamo gradiva Državnega zbora, vlade, ministrstev in EU ter nadzorujemo izvajanje nalog v zvezi z gradivi teh organov.

Pripravljamo gradiva za vlado ter vodimo, organiziramo in usklajujemo delo na področju zaščite, reševanja in pomoči, obrambnih priprav, civilnega kriznega načrtovanja in zaščite ključne infrastrukture na ministrstvu ter v organih v njegovi sestavi.

Izvajamo naloge na področju varovanja tajnih podatkov, organiziramo, usklajujemo in izvajamo naloge v zvezi z zvezo NATO in drugimi mednarodnimi združenji s področja zagotavljanja državne varnosti. Usklajujemo predloge, pripombe, stališča in mnenja h gradivom v medresorskem in strokovnem usklajevanju, ki so skupnega pomena za ministrstvo.

Zagotavljamo gospodarno porabo sredstev za delovanje ministrstva in nadzorujemo izvajanje spremljajočih, organizacijskih in strokovno-tehničnih nalog na ministrstvu ter v organih v sestavi.