V Sekretariatu opravljamo spremljajoče, metodološke, strokovno tehnične ter druge naloge na področju organizacije in upravljanja kadrovskih virov, materialnega poslovanja, finančno proračunskega poslovanja, javnih naročil za naročila do 20.000 evrov za blago in storitve ter do 40.000 evrov za gradnje (evidenčna naročila). Opravljamo naloge na področju poslovanja z dokumentarnim gradivom za ministrstvo in Inšpektorat za javni sektor, varstva pred naravnimi in drugimi nesrečami ter civilne obrambe, izvajamo notranji nadzor nad izvajanjem Zakona o tajnih podatkih in predpisov, sprejetih na njegovi podlagi, usklajujemo izvajanje ukrepov kriznega odzivanja in smo kontaktna točka za vse zadeve v zvezi z izvajanjem kohezijske politike na ministrstvu, ki vključujejo usklajevanje, načrtovanje, izvajanje, poročanje in vrednotenje glede skladov evropske kohezijske politike in nadzor nad njimi.