V okviru izvajanja kohezijske politike je sektor pristojen za pregledovanje ustreznosti javnih razpisov, ki jih pripravljajo posredniška telesa in posameznih projektov, posredovanih s strani posredniških teles ter izdajanje odločitev o podpori, ki so podlaga za sofinanciranje operacij.

Za lažje in učinkovitejše izvajanje evropske kohezijske politike pripravlja ustrezna navodila, ki jih usklajuje v okviru rednega sodelovanja s posredniškimi telesi in po potrebi tudi z revizijskim organom.

Učinkovito upravljanje, zlasti z namenom odpravljanja težav pri vsebinski izvedbi oziroma implementaciji, zagotavlja z redno komunikacijo med pristojnimi državnimi organi in upravičenci.

Na podlagi izvajanja operacij, spremlja izvajanje in porabo sredstev evropske kohezijske politike ter sodeluje pri pripravi načrta porabe le-teh. Redno spremlja napredek izvajanja operacij, sofinanciranih iz posameznega sklada oziroma programa ter obdeluje fizične in finančne kazalnike, izvaja skrbništva posameznih razvojnih prioritet, prednostnih osi in podobno. Pripravlja vsebinske analize, informacije, gradiva in poročila o izvajanju. Pripravlja informacije o potrebnih spremembah in dopolnitvah programskih dokumentov ter ostalih gradiv nadzornim odborom in Odboru za spremljanje.

Za odpravljanje težav pri vsebinski izvedbi oziroma implementaciji vzdržuje redno komunikacijo med pristojnimi državnimi organi, posredniškimi telesi in upravičenci.

Sektor za sklade aktivno sodeluje pri revizijah tako nacionalnih, kot tudi evropskih revizijah.

Za izboljšanje vsebine in izvajanje posameznega programa evropske kohezijske politike sodeluje pri aktivnostih vrednotenja.

Sodeluje pri pripravi programskih izhodišč in dokumentov za večletne finančne okvire na področju kohezijske politike.