Sektor za upravljanje vodi koordinacijo izvajanja Listine o temeljnih pravicah in Konvencije Združenih narodov o pravicah invalidov v okviru evropske kohezijske politike. Ne samo, da spremlja izvajanje, pač pa tudi sodeluje v postopkih odločanja o pritožbah ter skrbi za organizacijo izobraževanj javnih uslužbencev s tega področja.

S posredniškimi telesi sklepa sporazume o načinu izvajanja nalog.

Skladno z 11. točko 69. člena Uredbe 2021/1060/EU, skupaj s posredniškimi telesi, pripravi Opis sistema upravljanja in nadzora, ga ustrezno posodoblja, objavlja in o tem obvesti Urad za nadzor proračuna.

Skrbi za sprejetje in objavo izvedbenega načrta programa (INP). INP je vsebinska in finančna razčlenitev Programa evropske kohezijske politike (PEKP) in podlaga za pripravo državnega proračuna. Prikaz INP, ki je razčlenjen po prednostnih nalogah, specifičnih ciljih, neposrednih proračunskih uporabnikih, predlagateljih finančnega načrta, po načinu izbora operacij, po skladih, po kohezijskih regijah, po letih in morebitnih drugih atributih, sprejme Organ upravljanja (OU) in ga objavi na spletni strani www.evropskasredstva.si.

V pristojnosti Sektorja za upravljanje je načrtovanje državnega proračuna v okviru evropske kohezijske politike in spremljanje ter odločanje o načrtu razvojnih programov (NRP) – OU odloča o uvrstitvi novih projektov v NRP in spremembah projektov v NRP na podlagi predloga neposrednega proračunskega uporabnika po predhodni uskladitvi z Ministrstvom za finance (MF). Odloča pa tudi o prerazporeditvah pravic porabe, v kolikor Zakon o izvrševanju proračunov Republike Slovenije (ZIPRS) ne določa drugače, med postavkami namenskih sredstev EU in postavkami slovenske udeležbe.

Sektor za upravljanje pokriva tudi področje revizij in poročanja o nepravilnostih in goljufijah. Skrbi za pripravo navodil na tem področju in vnos v informacijski sistem ter vodi evidenco izvedenih revizij. Sodeluje pri pripravi navodil, priročnikov, strategij in drugih dokumentov in ima vlogo pri koordiniranju programiranja novega programskega obdobja – je povezovalni člen med organom upravljanja in posredniškimi telesi.

Sektor nastopa v vlogi glavnega koordinatorja za informacijski sistem evropske komisije – SFC (System for Fund Management in the European Union), naloga sektorja je dodeljevanje pravic uporabnikom, skupaj z MF pa pomaga tudi pri posredovanju različnih poročil na Evropsko komisijo.

Koordinira in usmerjamo delo odbora za spremljanje ter koordinira pripravo gradiv za spremljanje kakovosti izvajanja operativnega programa in drugih izvedbenih dokumentov evropske kohezijske politike.

Sektor sodeluje pri zaključevanje finančne perspektive 2014-2020.