V Sektorju za varovanje zdravja se osredotočamo na obvladovanje nevarnosti za zdravje ljudi v povezavi z okoljem, pitno in kopalno vodo, telesno dejavnostjo ter hrano, tako z zdravo prehrano kot tudi varnostjo živil in z živili za posebne skupine ter z materiali, ki pridejo v stik z živili. Pokrivamo tudi področje higienskih zahtev za kopališča ter za dejavnosti higienske nege in podobnih dejavnosti. S sodelovanjem z vladnimi in nevladnimi organizacijami skrbimo tudi za podporo ranljivim skupinam prebivalstva.