Sektor za varstvo arhivskega gradiva posebnih arhivov
To so bili nekdanji Zgodovinski arhiv Centralnega komiteja Zveze komunistov Slovenije, nekdanji Arhiv Inštituta za zgodovino delavskega gibanja in pozneje še zgodovinski del Arhiva Ministrstva za notranje zadeve. Ob tem upravljamo tudi gradivo pravosodja (sodišča, tožilstva, pravobranilstva od leta 1945 dalje) in skrbimo za arhivsko gradivo nekdanjih tako imenovanih družbenopolitičnih organizacij (Socialistična zveza delovnega ljudstva, sindikati, mladinske in borčevske organizacije), ki so leta 1990 prenehale delovati, njihovo gradivo pa smo prevzeli v osrednji državni arhiv.
Večina arhivskega gradiva, ki ga upravljamo, je mlajšega nastanka, po letu 1941. Več kot 750 arhivskih fondov in zbirk sektorja se nanaša na obdobje druge svetovne vojne. Ti fondi vsebujejo najrazličnejše dokumente vojaških in civilnih organov, tako italijanskih in nemških okupacijskih oblasti, gradivo partizanskega izvora kot tudi gradivo slovenskega domobranstva. Gradivo Centralnega komiteja Komunistične partije Slovenije, oziroma od leta 1952 Zveze komunistov Slovenije, se večinoma nanaša na obdobje med letoma 1941 in 1990, le manjši del je iz vojnega in predvojnega obdobja. Starejše je na primer gradivo Varnostno-obveščevalne službe (VOS), ki pa je večinoma v sklopu gradiva fonda Republiškega sekretariata za notranje zadeve Socialistične republike Slovenije. V tem fondu hranimo tudi gradivo obveščevalnih služb oziroma tajnih političnih policij OZNE (Oddelek za zaščito naroda), Uprave državne varnosti (UDV oziroma Udba) in Službe državne varnosti (SDV), vse do leta 1991. Gradivo smo prevzeli delno od notranjega ministrstva, delno pa od Slovenske obveščevalno-varnostne agencije (SOVA) in drugih.
Za arhivsko gradivo, ki ga hranimo v sektorju, je precej povpraševanja. Glede na naravo ustvarjalcev in njegovo starost pa večinoma vsebuje občutljive osebne podatke in druge zakonsko varovane podatke, ki jih moramo pred izdajo v čitalnici arhiva ustrezno zavarovati.