Sektor za sistem in podporo inšpekcijam opravlja spremljajoče naloge, ki so potrebne za delovanje inšpekcij, načrtuje ter spremljanja realizacijo izvedenih nalog inšpekcij, izvaja raznovrstne analize s področja dela inšpekcij in pripravlja različna poročila o njihovem delu.  Inšpektorjem nudi strokovno pomoč na področju inšpekcijskega nadzora in prekrškovnih postopkov, pripravlja navodila za opravljanje njihovega dela, delovne usmeritve ter pravilnike za izvajanje inšpekcijskega nadzora. Hkrati nudi podporo na področju stikov z javnostjo ter pripravi različnih poročil in navodil s področja dela organa.