Leta 2004 je bila zgrajena nova stavba zapora Koper, ki je bila prva tovrstna investicija v zaporskem sistemu po 40 letih. Zgrajen je bil sodoben zapor, ki izpolnjuje predpisane standarde. Pred tem je koprski zapor deloval v frančiškanskem samostanu sv. Ane, ki je bil leta 1997 v denacionalizacijskem postopku vrnjen lastniku, do izgradnje novega zapora pa je bilo urejeno najemno razmerje.

Zavod ima zaprti, polodprti in odprti oddelek za obsojence ter oddelek pripora. Zaprte osebe so nastanjene v 72 sobah, od katerih je 32 enoposteljnih in 40 dvoposteljnih. Zaprtim osebam so namenjeni tudi drugi prostori: skupni dnevni prostori s čajno kuhinjo, jedilnica, delavnice, sprejemni prostori, prostori za obiske, prostor za duhovno oskrbo, več manjših sob za rekreacijo, telovadnica, tri notranja sprehajališča, zunanje športno igrišče, prostor za izobraževanje in druge prostočasne dejavnosti, knjižnica, splošna in zobozdravstvena ambulanta, bolniška soba, soba za invalide, poseben prostor za izločitev, prostor za prestajanje disciplinske kazni oddaje v samico, prostor za priročno trgovino, prostor za striženje ter tehnični in pomožni prostori, kot so pralnica, likalnica ter skladišče za obleko in posteljnino.

Obiski obsojencev

• četrtek od 800. do 11.45 in od 13.00 do 17.30 
• nedelja od 9.00 do 11.45 in od 13.00 do 17.30

Obiski pripornikov

• ponedeljek od 13.00 do 17.30
• četrtek (samo delavci) od 8.00 do 11.45 in od 13.00 do 17.30
• petek od 8.00 do 11.45 in od 13.00 do 17.30