Poleg delovanja na področju splošne higiene in higiene živil živalskega izvora pripravljamo programe spremljanja na področju zoonoz, mikrobioloških meril, aditivov, arom in encimov, označevanja živil, onesnaževal, pesticidov, gensko spremenjenih organizmov v živilih in krmi (GSO), označevanja živil (vključno s prehranskimi in zdravstvenimi trditvami), ostankov veterinarskih zdravil, obsevanih živil, radioaktivnosti in protimikrobne odpornosti. Z inšpekcijo za varno hrano, veterinarstvo in varstvo rastlin sodelujemo pri pripravi programov posebnega nadzora za ta področja. Pomembno mesto imata področji novih živil in obogatenih živil.

Sektor deluje tudi na področju živalskih stranskih proizvodov (ŽSP) in transmisivnih spongiformnih encefalopatij (TSE). Zelo pomembno je področje krme, vključno z medicirano krmo. Za vsa našteta področja pripravljamo smernice, priporočila, priročnike, sezname preverjanj in različna navodila ter izvajamo izobraževanje oziroma usposabljanja za inšpektorje oziroma uradne veterinarje, nosilce dejavnosti in druge deležnike. Sodelujemo pri pripravi programa uradnega nadzora, vključno z večletnim programom nadzora (angleško Multi Annual National Control Plan - MANCP).

Zagotavljamo strokovno podporo inšpektorjem in uradnim veterinarjem. Sodelujemo pri upravljanju in vodenju registrov, zbirk podatkov, evidenc in seznamov z delovnega področja sektorja ter pri razvoju informacijskih sistemov na področju poročanja Evropski agenciji za varnost hrane (angleško European Food Safety Authority - EFSA). Vključeni smo v nekatere upravne postopke, kot so imenovanje uradnih laboratorijev, nacionalnih referenčnih laboratorijev, certifikacijskih organov in organizacij za ocenjevanje senzoričnih lastnosti ter drugih nosilcev prenesenih nalog z delovnega področja.

Aktivno sodelujemo z zainteresirano javnostjo in nevladnimi organizacijami. Vključeni smo v naloge, povezane z upravljanjem tveganj in komuniciranjem o tveganjih.

Sodelujemo pri načrtovanju in izvajanju proračuna s področja dela, pri oblikovanju in izvajanju politike varstva potrošnikov in prehranske politike. Zbiramo in obdelujemo podatke o rezultatih vzorčenja ter sodelujemo z EFSA na področju zoonoz, onesnaževal v živilih, ostankov pesticidov.

Za učinkovito delo sta ključna naša vpetost in sodelovanje z institucijami EU (Evropska komisija, EFSA in druge) ter drugimi mednarodnimi organizacijami, z resornim ministrstvom in drugimi ministrstvi, organi v njihovi sestavi, drugimi institucijami in službami ter v različnih medresorskih skupinah.