Boštjan Šefic je rojen leta 1962 v Kranju, kjer tudi ves čas živi. V Kranju je končal gimnazijo, leta 1994 diplomiral na Višji šoli za notranje zadeve (danes Fakulteta za varnostne vede). Kasneje je študij nadaljeval na Fakulteti za organizacijske vede v Kranju. Po diplomi je na isti fakulteti pridobil še naziv specialist organizacije in managementa.

Od leta 1988 je bil zaposlen v Republiškem sekretariatu za notranje zadeve in kasnejšem Ministrstvu za notranje zadeve Republike Slovenije, nato se je zaposlil v Varnostno-informativni službi, potem pa še v Slovenski obveščevalno-varnostni agenciji (Sova). V tem času je opravljal različne naloge, v zadnjih letih dela v Sovi pa je bil od februarja 2000 do oktobra 2003 vodja kabineta direktorja, nato krajši čas operativni vodja, od januarja 2004 pa namestnik direktorja agencije. Na tem mestu je ostal vse do konca septembra 2007, ko se je zaposlil kot izvršni direktor v podjetju ECOSEC poslovno svetovanje, d. o. o.

Aprila 2013 ga je Vlada Republike Slovenije imenovala za državnega sekretarja na Ministrstvu za notranje zadeve, kjer je ostal do konca mandata Vlade, nato ga je vlada v mandatu 2014-2018 ponovno imenovala za državnega sekretarja na istem ministrstvu. V času odsotnosti ministra je po pooblastilu vodil ministrstvo.

Od septembra 2018 do marca 2019 je bil svetovalec ministra za obrambo.

Od leta 2000 je bil aktivno vključen v delo Sveta za nacionalno varnost in njegovega sekretariata, kasneje tudi v delo Medresorske delovne skupine za boj proti terorizmu, ki jo je nekaj časa tudi vodil. Sodeloval je tudi v drugih medresorskih delovnih skupinah, različnih delovnih telesih EU in NATO. Bil je tudi član evalvacijskih skupin za oceno pripravljenosti posameznih držav članic EU na področju boja proti terorizmu. V času, ko je bil državni sekretar, je bil aktiven na mednarodnem področju, udeleževal se je zasedanj ministrov za notranje zadeve članic EU in številnih mednarodnih konferenc doma in v tujini, nekaterim je tudi predsedoval.

Ves čas občasno sodeluje s strokovnimi prispevki na strokovnih srečanjih, priložnostno je predaval tudi kot zunanji strokovnjak študentom na FDV, mednarodnih konferencah in strokovnih posvetih.

Boštjan Šefic je prejemnik državnega odlikovanja "Medalja za zasluge" in številnih drugih priznanj.