Med poglavitne pristojnosti spadajo predvsem izdajanje dovoljenj in overjenih kopij za dostop do tujih tajnih podatkov za osebe (NATO in EU), izdajanje varnostnih dovoljenj in potrdil za obravnavanje tujih tajnih podatkov organizacijam (NATO in EU), opravljanje ogledov prostorov ter izdelava mnenj o ustreznosti varnostno-tehnične opreme, vgrajene v varnostna območja, ter postopkov in ukrepov varovanja varnostnih območij, priprava in izvajanje usposabljanj na področju tajnih podatkov.

Kot nacionalni varnostni organ spremlja in usklajuje stanje na področju obravnavanja in varovanja tajnih podatkov, predlaga ukrepe za izboljšanje varovanja tajnih podatkov, skrbi za razvoj in izvajanje fizičnih, organizacijskih in tehničnih standardov varovanja tajnih podatkov v organih in organizacijah, koordinira delovanje organov, pristojnih za varnostno preverjanje, pripravlja predloge predpisov s področja tajnih podatkov za vlado in daje mnenja o skladnosti splošnih aktov organov in organizacij z Zakonom o tajnih podatkih na področju obravnavanja in varovanja tajnih podatkov.

Na podlagi sklenjenih bilateralnih in multilateralnih sporazumov nudi pomoč varnostnim institucijam drugih držav in mednarodnim organizacijam v postopku varnostnega preverjanja oseb za dostop do tajnih podatkov, izmenjuje podatke z nacionalnimi varnostnimi organi tujih držav in mednarodnih organizacij, sodeluje s Centralnim registrom NATO in EU ter podregistri na področju dokumentacijske varnosti, vodi zakonsko predpisane evidence in vodi ter koordinira delo v medresorskih delovnih skupinah na področju osebne, dokumentacijske, fizične in industrijske varnosti.