Tudi Ministrstvo za okolje in prostor (MOP) je pomembno vpeto v delovanje  morske biološke postaje,  zlasti preko monitoringov. Preko Agencije Republike Slovenije za okolje (ARSO) spremljamo razne parametre in stanje ekosistemov, tako po vodni direktivi kot tudi na podlagi morske strategije.« Minister je napovedal, da bo MOP na ekspertni ravni nadaljeval dogovarjanje v »kakšnem obsegu okrepimo monitoring, da bomo vse bliže temu, kar morska strategija predpisuje.«

Minister vidi konstruktivno sodelovanje kot potrebno tudi v prihodnje, in sicer zaradi baz podatkov, opreme, znanja ter izkušenih strokovnjakov, ki so se sposobni odzivati na številne izzive, ki jih povzroča vpliv človeka, gospodarstva, ne nazadnje tudi podnebne spremembe na ekosisteme. Morska biološka postaja Nacionalnega inštituta za biologijo (NIB-MBP) je sicer edina slovenska raziskovalna enota, ki se ukvarja izključno z raziskavami morskih ekosistemov. NIB-MBP poleg svoje osnovne dejavnosti, tj. temeljnih in aplikativnih raziskav, že vrsto let izvaja okoljske monitoringe in opravlja strokovne naloge, ki nudijo podporo različnim deležnikom pri upravljanju z morskim okoljem, pri implementaciji EU direktiv in mednarodnih konvencij. V okviru projekta Bober je ARSO vzpostavil operativne oceanografske modele za valovanje in tokovanje morja. Operativne modele sedaj razvija in nadgrajuje tudi ARSO.