Vlada RS meni, da so zatrjevane neskladnosti z Ustavo RS neutemeljene in da je ravnala v skladu z načelom pravne države na podlagi nujnih razlogov in po načelu sorazmernosti uvedenih ukrepov. Ustavno sodišče je sicer s sklepom do končne odločitve zadržalo izvrševanje 11. člena odloka. Ta sklep je začel učinkovati 9. aprila 2021.

Ustava RS v tretjem odstavku 15. člena izrecno dopušča, da so človekove pravice in temeljne svoboščine omejene samo s pravicami drugih in v primerih, ki jih določa Ustava RS. Razlog varstva pred nalezljivimi boleznimi je izrecno naveden kot dopustni razlog za omejevanje pravice do svobode gibanja (drugi odstavek 32. člena).

Prvi odstavek 39. člena Zakona o nalezljivih boleznih (ZNB) določa, da če z ukrepi, določenimi s tem zakonom, ni mogoče preprečiti, da se v Republiko Slovenijo zanesejo in v njej razširijo določene nalezljive bolezni, lahko vlada odredi tudi naslednje ukrepe:
1. določi pogoje za potovanje v države, v katerih obstaja možnost okužbe z nevarno nalezljivo boleznijo, in za prihod iz teh držav;
2. prepove oziroma omeji gibanje prebivalstva na okuženih ali neposredno ogroženih območjih;
3. prepove zbiranje ljudi v šolah, kinodvoranah, javnih lokalih in na drugih javnih mestih, dokler ne preneha nevarnost širjenja nalezljive bolezni;
4. omeji ali prepove promet s posameznimi vrstami blaga in izdelkov.

V primerih ukrepov iz zakona in posledično v odloku ne gre za najintenzivnejše posege države v človekove pravice oziroma za posege, ki bi pomenili razveljavitev človekovih pravic, ampak gre za njihovo omejitev v skladu s 15. členom Ustave RS. Pravice se omejujejo na podlagi 39. člena ZNB, ki v skladu z 32. členom Ustave RS daje vsebinsko podlago za te omejitve, ki pa so uveljavljene v obsegu, ki je nujno potreben za dosego cilja. Vsi ukrepi so bili sprejeti z namenom, da se preprečita nenadzorovana širitev nalezljive bolezni in razpad zdravstvenega sistema, kar bi lahko v skrajni posledici ogrozilo dejanski obstoj države.

Pravica do zdravstvenega varstva iz 51. člena Ustave RS varuje eno najpomembnejših vrednot, to je človekovo zdravje. Ukrepi delne omejitve gibanja, med njimi določitev pogojev za potovanje v države oziroma administrativne enote držav na rdečem seznamu ter vstop v Republiko Slovenijo iz teh držav, tako kot številni drugi že sprejeti ukrepi, so bili usmerjeni v prepoved in omejevanje socialnih stikov. Ti ukrepi so po mnenju zdravstvene stroke med najučinkovitejšimi za preprečevanje širjenja (pandemije) nalezljive bolezni COVID-19.
ZNB izrecno določa, da ima v primeru tehtanja med ustavno zavarovanimi vrednotami življenja in zdravja prebivalcev ter drugimi ustavnimi pravicami (kot npr. pravica do svobode gibanja, pravica do zasebnega in družinskega življenja), če gre za njihovo začasno omejitev, prednost varovanje življenja in zdravja prebivalstva. Ukrepi so bili sprejeti z namenom preprečevanja stanja, ko bi zaradi ekspanzivnega povečanja števila okuženih in števila pacientov, ki bi potrebovali hospitalizacijo, presegli zmogljivosti zdravstvenega sistema. Tako bi ogrozili izvrševanje pozitivnih obveznosti države iz ustavne pravice do zdravstvenega varstva, saj ob prezasedenosti zdravstvenih zmogljivosti država ne bi zmogla zagotavljati ustrezne in kakovostne zdravstvene obravnave že obolelim in potencialno okuženim. Iz prvega odstavka 4. člena ZNB tudi izhaja, da ima vsakdo pravico do varstva pred nalezljivimi boleznimi in bolnišničnimi okužbami, hkrati pa ima dolžnost varovati svoje zdravje in zdravje drugih pred temi boleznimi.
Ukrepi iz prvega odstavka 39. člena ZNB so sorazmerni in nujni za dosego cilja, ki je obvladovanje in preprečevanje nalezljive bolezni z namenom varovanja zdravja ljudi. Namreč le s preprečevanjem stikov med ljudmi in z doslednim izvajanjem drugih ukrepov na podlagi ZNB ter ob upoštevanju preventivnih in higienskih napotkov stroke (NIJZ) je mogoče obvladati in zamejiti širjenje nalezljive bolezni. Bistveno je, da se vsi ukrepi iz prvega odstavka 39. člena ZNB sprejemajo na podlagi mnenja zdravstvene stroke.

Kot je zdravstvena stroka že večkrat navedla v javnih nastopih, noben od ukrepov proti širjenju nalezljive bolezni COVID-19 ni sam po sebi ključen za preprečevanje širjenja, ampak je ključen skupek vseh ukrepov. Decembra 2020 je bil v mednarodni znanstveni reviji Nature Human Behaviour objavljen povzetek raziskave o učinkovitosti vladnih ukrepov v boju zoper pandemijo COVID-19. Raziskava kaže, da ima na gibanje faktorja R (ki pove, koliko ljudi v povprečju okuži ena oseba) največji učinek šest ukrepov:
1. omejitev manjših zasebnih druženj,
2. zaprtje izobraževalnih institucij,
3. ukrepi na mejah,
4. splošna dostopnost zaščitnih sredstev,
5. omejitev gibanja posameznikov,
6. splošni oziroma nacionalni lockdown.

Kot izhaja iz analiz in raziskav, imajo vsi ukrepi, s katerimi se omejuje ali preprečuje socialne stike, učinek na faktor R. Po zgornji raziskavi so ukrepi na mejah tretji najučinkovitejši ukrep.
Vlada poudarja, da z odlokom ni bilo posebej ali čezmerno poseženo v pravico do lastninske pravice (33. člen Ustave RS) ali podjetništva (74. člen Ustave RS), saj kakršni koli posegi v omenjeno pravico posameznikov niso bili določeni.
Vlada bo, kot je v praksi z vsemi drugimi ukrepi, ki se ves čas presojajo skladno z odločitvijo Ustavnega sodišča RS, nadaljnjo veljavnost ukrepov o pogojih za vstop v državo presojala v sodelovanju s strokovno skupino ob upoštevanju epidemiološke slike v državi in morebitnimi odločitvami Ustavnega sodišča o že vloženih pobudah za oceno ustavnosti in zakonitosti 39. člena ZNB ter relevantnih odlokov.
Vlada zaključuje, da so bili z odlokom sprejeti ukrepi, ki so bili skladni tako z zakonodajo s področja nalezljivih bolezni kot z Ustavo RS. Pri tem je na zakonit in ustavnopravno dopusten način zasledovala ustavnopravni cilj varovanja javnega zdravja v skladu z 51. členom Ustave RS, zato Ustavnemu sodišču predlaga, da v postopku ustavnosodne presoje pobude zavrne kot neutemeljene.