Slovenska vojska načrtno, sistematično in dosledno spoštuje ukrepe za zajezitev širjenja virusa covid-19. Zaradi dejavnega pristopa pri omejevanju širjenja bolezni že od prvega vala razglašene epidemije uspešno opravlja vojaške dejavnosti in tako zagotavlja pričakovano odzivnost oziroma pripravljenost za delovanje Slovenske vojske v vseh razmerah. V mednarodni operaciji Kfor na Kosovu so bili znotraj sil misije prvi cepljeni prav pripadniki slovenskega vojaškega kontingenta. S svojimi zmogljivostmi in infrastrukturo podpira napore civilnega zdravstva in prebivalcev Republike Slovenije v prizadevanjih za zajezitev širjenja bolezni ter zagotovitve predvidenega odstotka precepljenosti tako v lastnih vrstah kot v civilni javnosti. Vojaško medicinsko osebje dopolnjuje nacionalni zdravstveni sistem ter izvaja testiranje in cepljenje državljank in državljanov Republike Slovenije, poleg tega ponuja tudi svojo infrastrukturo za dopolnilna cepilna mesta v Ljubljani in Kranju. Neprekinjeni, pravočasni in ustrezni ukrepi znotraj Slovenske vojske preprečujejo širjenje bolezni ter omogočajo varno uresničevanje poslanstva.

Med razglašeno epidemijo se je z novim koronavirusom okužilo 1.030 pripadnikov Slovenske vojske, velika večina je okužbo prebolela v lažji obliki. Med težjimi primeri izstopata medicinski evakuaciji obolelih pripadnikov z mednarodnih misij v Maliju in Libanonu. Skladno z usmeritvami ministra za obrambo  napotitev pripadnikov Slovenske vojske na mednarodne operacije in misije oziroma na druge naloge v tujino brez polne precepljenosti, ni mogoča. Prav tako se na naloge v Sloveniji, kjer je večja verjetnost prenosa okužbe novega virusa (varovanje državne meje, pomoč državnim organom,…), prednostno napoti polno precepljene pripadnike Slovenske vojske.

Za preventivno zaščito pripadnikov in preprečevanje širjenja okužb Vojaška zdravstvena enota vsakodnevno izvede več kot 400 testiranj na 18 lokacijah po Sloveniji, od začetka epidemije je skupno izvedla približno 6.000 cepljenj v Republiki Sloveniji in na območjih izvajanja mirovnih operacij.

Pripadniki Slovenske vojske (enako velja tudi za zaposlene na Ministrstvu za obrambo, v Upravi Republike Slovenije za zaščito in reševanje ter druge, za katere cepljenje izvaja Slovenska vojska) lahko izbirajo med cepivi, odobrenimi v Evropski uniji.