V zadevi Prevlada javne koristi energetike-obnovljivega vira nad javno koristjo ohranjanja narave za hidroelektrarne Mokrice v samem postopku Upravno sodišče ni našlo napak. Je pa zaznalo pomanjkljivost v koraku pred izvedbo postopka prevlade javne koristi energetike - obnovljivih virov energije nad javno koristjo ohranjanja narave in je ministrstvo napotilo k odpravi te pomanjkljivosti, ki je nastala zaradi sočasne uporabe treh zakonov.

Upravno sodišče meni, da sočasnost dveh postopkov po členu 6(3) in po členu 6(4) Habitatne direktive ni sprejemljiva in da bi moral biti najprej izveden prvi, in sicer do ugotovitve pristojnega organa in določitve vseh omilitvenih ukrepov ter podaja jasno usmeritev ministrstvu glede nujne zaporednosti dveh korakov.

V prvi vrsti je torej treba izvesti  celoten postopek presoje vplivov na okolje, preden se pristopi k Postopku prevlade  javne koristi nad javno koristjo ohranjanja narave, upravni organ  pa mora za vse vrste in habitatne tipe Nature 2000 presojo izvesti natančno ter določiti vse omilitvene ukrepe za vsako vrsto in habitatni tip. Šele ko upravni organ izvede ugotovitev na podlagi presoje vplivov na okolje z dodatkom, posvetovanja z ministrstvi in organizacijami ter javnostjo, katere vrste in v kakšni meri, se da omiliti z omilitvenimi ukrepi, se sme pričeti s Postopkom prevlade javne koristi nad javno koristjo ohranjanja narave za vrste, za katere je predhodne potrjeno, da ima poseg bistven vpliv.  

Ministrstvo za okolje in prostor si prizadeva za izvajanje ukrepov za zmanjšanje učinkov podnebnih sprememb, med katerimi so pomembni obnovljivi viri energije. Postopke izvaja vsebinsko natančno in učinkovito.