Mokrišča so eden izmed najbolj ogroženih ekosistemov na Zemlji. Izginjajo trikrat hitreje kot gozdovi. Od leta 1700 je izginilo več kot 80 odstotkov mokrišč, od sedemdesetih let prejšnjega stoletja pa več kot 35 odstotkov.  Izginjanje mokrišč povzroča človek z izsuševanjem in zasipavanjem mokrišč zaradi kmetijstva ter pozidave, prav tako pa na izginjanje vplivajo tudi onesnaževanje vode in  izsekavanje mokriščne vegetacije ter prekomerno izkoriščanje virov. V zadnjih desetletjih mokrišča vse bolj ogroža tudi širjenje invazivnih tujerodnih vrst ter podnebne spremembe.

V svoji okolici mokrišča najpogosteje poznamo kot močvirja, nizka barja, šotišča, soline, poplavne mokrotne travnike, poplavne gozdove, slane lagune, poplavne ravnice rek, mlake, mrtvice in podobno. So naravnega ali umetnega nastanka, s stoječo ali tekočo vodo, ki je sladka, polslana ali slana.

Sloveniji mokrišča predstavljajo 5 odstotkov površine ozemlja, med njimi pa so tri območja Nature 2000, ki so uvrščena tudi na Ramsarski seznam mednarodno pomembnih mokrišč: Sečoveljske soline, Škocjanske jame ter Cerkniško jezero s Križno jamo in Rakovim Škocjanom. Pomemben del obnove mokrišč v Sloveniji poteka s projekti za območja Nature 2000.

Direkcija RS za vode sodeluje pri izvajanju številnih projektov, kot so: »VIPava - ukrepi za ohranjanje in izboljšanje stanja ogroženih živalskih vrst in habitatov v Vipavski dolini«, »Drava – Natura 2000, reka za prihodnost - Izboljšanje stanja ohranjenosti vrst in habitatnih tipov rečnega in obrečnega pasu reke Drave«, »Natura Mura« in »LIFE integrirani projekt za okrepljeno upravljanje Nature 2000 v Sloveniji«, s katerimi prispeva k obnovi mokrišč in izboljšanju stanja voda.

V sklopu projekta Natura Mura, kjer sodelujemo kot partner na projektu, smo v letih 2021 in 2022 očistili dve mrtvici: Mrtvico Zaton v občini Tišina in Podkova, ki se nahaja v občini Lendava. Prav tako je bilo v sklopu projekta med letoma 2021 in 2022 vzpostavljenih 20 novih vodnih habitatov (mlak) na lokacijah med Šentiljem in Lendavo.