Preoblikovanje sistema zagotavljanja pomorske pilotaže je v letu 2019 povzročilo kar nekaj polemik, predvsem s strani tedanjega zasebnega izvajalca te pomembne dejavnosti, ki bistveno vpliva na delovanje koprskega pristanišča, medtem ko je bila strokovna javnost enotna, da je treba to področje bistveno preoblikovati. Za osvežitev spomina navajamo nekaj dejstev.

Konec leta 2018 je takratni izvajalec pomorske pilotaže obvestil Upravo RS za pomorstvo, da sta od sedmih pomorskih pilotov trenutno na razpolago samo dva ter da posledično ni zagotovljeno nemoteno izvajanje pomorske pilotaže v koprskem tovornem pristanišču. Potrebno je bilo veliko naporov in iskanja začasnih rešitev, da je bilo zagotovljeno nemoteno delovanje pristanišča.

Zagotavljanje pomorske pilotaže in s tem varnost plovbe sta bila ponovno ogrožena, ko so zaposleni v podjetju, ki se je ukvarjalo s pilotažo in zaposlovalo vse pomorske pilote, pričeli opozarjati na neustrezne delovne razmere ter groziti s stavko zaradi nevzdržnih razmer znotraj podjetja.

Ministrstvo za infrastrukturo je o ogroženosti izvajanja pomorske pilotaže v koprskem tovornem pristanišču seznanilo vlado, ki je na predlog ministrstva sprejela sklep, s katerim je podprla rešitev zagotavljanja pomorske pilotaže v okviru gospodarske javne službe v obliki javnega podjetja.

Po dolgotrajnem usklajevanju je bila 20. februarja 2020 sprejeta Uredba o obliki in načinu izvajanja gospodarske javne službe pomorske pilotaže, ki se je začela uporabljati 10. maja 2020 z ustanovitvijo javnega podjetja.

Takratni izvajalec pilotaže je takoj po sprejetju uredbe vložil pobudo za oceno ustavnosti in zakonitosti, hkrati s predlogom za začasno zadržanje njenega izvajanja. Ustavno sodišče je predlog, da se do dokončne odločitve zadrži izvrševanje uredbe zavrnilo 7. maja 2020.

Po skoraj treh letih, 6. aprila 2023, pa je ustavno sodišče odločilo, da uredba ni v neskladju z ustavo in tako potrdilo pravilnost odločitve ministrstva za infrastrukturo.