Sedež ACER (vsebina v angleškem jeziku) je v Ljubljani, kjer zaposluje približno 170 ljudi, tako stalno osebje kot strokovnjake, ki so jih poslale nacionalne regulatorne agencije.

Bitka za sedež agencije je bila dolga in napeta. Ljubljana je v njej premagala Bratislavo in Bukarešto. Agencije se razlikujejo od institucij EU. Ustanovljene so kot ločene pravne osebe, ki opravljajo specifične tehnične in znanstvene naloge, ki pomagajo institucijam EU in državam članicam pri izvajanju politik in sprejemanju odločitev. ACER je tako neodvisen organ, ki spodbuja integracijo in dokončanje notranjega energetskega trga EU za elektriko in zemeljski plin.

S spodbujanjem sodelovanja med nacionalnimi regulatornimi organi ACER zagotavlja, da se integracija nacionalnih energetskih trgov in izvajanje zakonodaje v državah članicah izvajata v skladu z energetskimi cilji EU in regulatornimi okviri.

Splošni namen ACER je doseči prehod evropskega energetskega sistema, doseči koristi povečane integracije energetskega trga po Evropi ter zagotoviti energetsko oskrbo z nizkimi emisijami ogljika po čim nižjih stroških za evropska podjetja in državljane.