Na podlagi Uredbe o varstvu voda pred onesnaževanjem z nitrati iz kmetijskih virov se bo preverjalo, ali se živinska tekoča gnojila skladiščijo v zbiralnikih tekočih živinskih gnojil, trdi del pa na gnojiščih ali v drugih vodotesnih objektih. Skladišča za živinska gnojila morajo biti umeščena v prostor ter grajena in upravljana tako, da ne pride do nenadzorovanega iztekanja in onesnaženja vode ali tal. Biti morajo vodotesna, stabilna in odporna proti mehanskim, toplotnim ali kemičnim vplivom. Skladišča za živinska gnojila morajo biti redno vzdrževana. Ob poškodbah je treba živinska gnojila ali bioplinsko gnojevko hitro in varno uporabiti ali skladiščiti drugje, tako da ne pride do onesnaževanja vode ali tal. Pretočni kanali in cevovodi, ki povezujejo hleve in skladišča za živinska gnojila ali skladišča za živinska gnojila med seboj morajo biti vodotesni, stabilni, nepremični in odporni proti mehanskim, toplotnim ali kemičnim vplivom. Prav tako morajo biti redno vzdrževani. Pri poškodbah kanala ali cevovoda pretakanje tekočih organskih gnojil ni dovoljeno.

Zmogljivost skladišča za živinska gnojila mora biti prilagojena številu in vrsti živali na kmetijskem gospodarstvu in mora zagotavljati skladiščne zmogljivosti za najmanj šestmesečno skladiščenje. Podrobnejši izračun minimalnih skladiščih kapacitet, ki jih mora zagotoviti kmetijsko gospodarstvo, je opredeljen v prilogi Uredbe. Izračun lahko izvede posamezen nosilec kmetijskega gospodarstva, kmetijska svetovalna služba ali kmetijski inšpektorji ob izvajanju nadzora. Če kmetijsko gospodarstvo nima dovolj velikega skladišča za živinska gnojila, lahko manjkajoče zmogljivosti najame, kar mora biti izkazano z najemno pogodbo.

V kolikor kmetijska gospodarstva dokupujejo ali oddajajo živinska gnojila, je potrebno voditi ustrezno evidenco, ki se do konca leta posreduje na Agencijo za kmetijske trge in razvoj podeželja. Na posameznih kmetijskih površinah je sicer dovoljeno skladiščiti uležani hlevski gnoj, vendar le za določen čas. 

Med hujše kršitve v tem letnem času, ko ne velja prepoved gnojenja, sodijo predvsem:

• izcejanje gnojevke iz odtočnih kanalov v okolje oziroma vodotoke,
• gnojenje neposredno ob vodotokih,
• uporaba tekočih živinskih gnojil na najožjih vodovarstvenih območjih (VVO I);

Z globo od 2000 evrov do 5000 evrov se za prekršek kaznuje pravna oseba, ki izvaja gnojenje na poplavljenih tleh in na strmih zemljiščih, nagnjenih k površinskim vodam, na kmetijskih zemljiščih v zaraščanju, ob vodotokih v tlorisni širini, določeni z zakonom, ki ureja vode, okoli objektov za zajem pitne vode, za katere ni določen vodovarstveni režim ter v primeru neurejenih skladišč za živinska gnojila. Z globo od 1000 evrov do 2000 evrov se za te prekrške kaznuje samostojni podjetnik posameznik. Z globo od 800 do 1200 evrov se za te prekrške kaznuje odgovorna oseba pravne osebe ali odgovorna oseba samostojnega podjetnika posameznika ali posameznik.

Izvajanje dobre kmetijske prakse pri gnojenju v skladu z uredbo je pomembno predvsem zaradi tega, ker se s tem zagotavlja pravilna uporaba gnojil, ki z nitrati ne obremenjujejo okolja, vodotokov, podtalnice in s tem pitne vode. Prav tako se poveča tudi učinkovitost gnojenja. Zavezanci po tej uredbi so vsa kmetijska gospodarstva, ki izvajajo gnojenje, oziroma kmetijska gospodarstva, kjer pri izvajanju njihove dejavnosti nastajajo živinska gnojila ali bioplinska gnojevka ali kompost ali digestat, četudi slednja ne vsebujeta živinskih gnojil.