Uredba (EU) 2016/2031 o zdravju rastlin določa pravila o ukrepih varstva pred škodljivimi organizmi rastlin, ki vključujejo uvrščanje karantenskih škodljivih organizmov na sezname, zahteve glede vnosa nekaterih rastlin, rastlinskih proizvodov in drugih predmetov na ozemlje EU ter njihove premike po njem. Določa tudi obvezno izvajanje programov preiskav za ugotavljanje navzočnosti karantenskih škodljivih organizmov, pošiljanje uradnih obvestil in poročil, ukrepe za izkoreninjenje karantenskih škodljivih organizmov in izdajo rastlinskih potnih listov ter fitosanitarnih spričeval.

Pomembna novost je ustanovitev posebne ekipe EU za izredne razmere, ki jo imenuje, in financira Evropska komisija. Ekipa bo sestavljena iz strokovnjakov z različnih področij, povezanih z zdravjem rastlin, ki jih predlagajo države članice. Državam članicam ali državam, ki mejijo na EU, bo na njihovo zahtevo pomagala v izrednih primerih pri ukrepih za izkoreninjenje in preprečevanje izbruhov karantenskih škodljivih organizmov na njihovih ozemljih.

Z dopolnitvami uredbe se spreminjajo nekatere zahteve za države, ki niso članice EU, glede vnosa rastlin, rastlinskih proizvodov in drugih predmetov, ki pomenijo fitosanitarno tveganje. Določajo se novi postopki za zahtevke držav, ki niso članice EU, za dostop do trga EU in za uvrstitev na seznam ali črtanje s seznama zelo tveganih rastlin in rastlinskih proizvodov. Nova je tudi obveznost, da pristojni organi držav, ki niso članice EU, v fitosanitarnem spričevalu za rastline za saditev, ki se uvažajo v EU, navedejo ukrepe, ki so bili uporabljeni proti nadzorovanim nekarantenskim škodljivim organizmom. Predvideno je 18-mesečno prehodno obdobje za prilagoditev novim pravilom pri izdaji fitosanitarnih spričeval.

Spremembe uredbe prinašajo tudi lažje trgovanje z rastlinami znotraj EU v zvezi z različnimi pravili o notranjem pretoku rastlin. Uvedena so odstopanja glede izdajanja rastlinskih potnih listov za internetno in kataloško prodajo rastlin za saditev in glede obveznega fizičnega nameščanja rastlinskih potnih listov na prodajno enoto. Podrobneje bodo ta odstopanja urejena z izvedbenimi predpisi Evropske komisije. Uvedene so tudi določene spremembe glede nadomeščanja rastlinskega potnega lista ob uvozu v EU.

Dosedanje izkušnje z izvajanjem uredbe o zdravju rastlin so pokazale, da imata poročanje in obveščanje o aktivnostih v zvezi z ukrepi proti škodljivim organizmom rastlin ključno vlogo pri ustreznem spremljanju in pravilnem izvajanju zakonodaje. S spremembo uredbe je tako za države članice uvedena obveznost elektronskega obveščanja in poročanja preko enotnega elektronskega sistema EU, ki omogoča standardizirane in digitalizirane postopke.