Glavna načela delovanja javnih agencij in posamezna vprašanja glede njihovega delovanja ureja Zakon o javnih agencijah. Javne agencije so osebe javnega prava, ki imajo lastno pravno osebnost, ustanovijo pa se na podlagi posebnega zakona z ustanovitvenim aktom. Ustanovijo se za samostojno opravljanje nalog v javnem interesu, med katere sodijo regulativne, razvojne in strokovne naloge. Upravne naloge javne agencije lahko opravljajo le na podlagi javnega pooblastila.

Statusna vprašanja zavodov na splošno ureja Zakon o zavodih. Posamezna vprašanja glede zavodov so lahko dodatno urejena tudi v predpisih s področja dejavnosti, ki jo zavod opravlja, pri čemer se določbe Zakona o zavodih uporabljajo le, če v posebnih zakonih posamezna vprašanja niso drugače urejena. Zavodi so organizacije, ki se ustanovijo za opravljanje dejavnosti vzgoje in izobraževanja, znanosti, kulture, športa, zdravstva, socialnega varstva, otroškega varstva, invalidskega varstva, socialnega zavarovanja ali drugih dejavnosti, če cilj opravljanja dejavnosti ni pridobivanje dobička.