Programi tretjega stebra so namenjeni zagotavljanju ustreznih pogojev za krepitev inovacijskih aktivnosti ter kreiranje prebojnih dosežkov z velikim potencialom za globalno komercializacijo. Z različnimi oblikami podpore visoko tveganih projektov se želi doseči predvsem učinkovit prehod od vrhunske znanosti k uspešnim tržnim produktom. Dobrim podjetjem z disruptivnimi inovacijami, prihodnjih nosilcev razvoja in napredka, se bo omogočilo hitro rast in osvajanje globalnih trgov in s tem ustvarjanje kvalitetnih delovnih mest in drugih družbenih učinkov. S tem namenom je potrebno povečati tudi učinkovitost delovanja podpornih ekosistemov, ki vključujejo različne deležnike v okviru držav članic, kot tudi Evropski inštitut za inovacije in tehnologijo.

Programi tretjega stebra obsegajo 3 sklope:

• Evropski inovacijski ekosistemi / European Innovation Ecosystems (EIE)
• Evropski inštitut za inovacije in tehnologijo / European Institute of Innovation and Technology (EIT)
• Evropski svet za inovacije / European Innovation Council (EIC)