Proračunski Sklad za vode je bil za nedoločen čas ustanovljen z Zakonom o vodah. Z njim upravlja Ministrstvo za naravne vire in prostor oziroma Direkcija RS za vode kot organ v njegovi sestavi.

Namenski viri sklada so:

• sredstva od prodaje vodnih in priobalnih zemljišč, ki jim je prenehal status naravnega vodnega javnega dobra,
• nadomestila za ustanovljene stvarne služnosti ali stavbne pravice v skladu s tem zakonom in
• plačila za vodne pravice v delu, ki pripada državi, in vodna povračila

Sredstva sklada se lahko porabljajo za financiranje:

1. gradnje vodne infrastrukture, vključno z nakupom zemljišč, potrebnih za njeno gradnjo,
2. gradnje državne in lokalne infrastrukture, ki je potrebna zaradi gradnje vodne infrastrukture,
3. izvedbe izrednih ukrepov v času povečane stopnje ogroženosti zaradi škodljivega delovanja voda in izvedbe izrednih ukrepov po naravni nesreči zaradi škodljivega delovanja voda,
4. gradnje in posodobitve vodnih zadrževalnikov namenjenih za namakanje kmetijskih zemljišč, ki so državna vodna infrastruktura,
5. nakupa vodnih in priobalnih zemljišč in sofinanciranja nakupa priobalnih zemljišč s strani lokalnih skupnosti na podlagi 16. člena tega zakona,
6. strokovnih in razvojnih nalog za izvajanje tega zakona, ki jih opravljajo pravne osebe javnega prava, ki jih je ustanovila Republika Slovenija v ta namen,
7. medobčinskih ali regionalnih projektov gradnje objektov za črpanje, filtriranje in zajem vode ter prenosnih vodovodov za zagotovitev javne oskrbe s pitno vodo v skladu z operativnimi programi varstva okolja,
8. občinskih projektov novogradnje ali rekonstrukcije sistemov za oskrbo s pitno vodo za zagotovitev javne oskrbe s pitno vodo, ki jih ni mogoče sofinancirati iz sredstev Evropske unije, kadar je v skladu s predpisi, ki urejajo varstvo okolja, predpisano opremljanje z javnim vodovodom,
9. odkupa zasebnih vodovodov s strani občin zaradi zagotovitve javne oskrbe s pitno vodo, kadar je v skladu s predpisi, ki urejajo varstvo okolja, predpisano opremljanje z javnim vodovodom,
10. občinskih projektov novogradnje ali rekonstrukcije javne kanalizacije v aglomeracijah s skupno obremenitvijo, manjšo od 2.000 populacijskih ekvivalentov, kadar je v skladu s predpisi, ki urejajo varstvo okolja, predpisano opremljanje z javno kanalizacijo, če jih ni mogoče sofinancirati iz sredstev Evropske unije, ter
11. drugih posameznih strokovnih in razvojnih nalog za izvajanje tega zakona.