V Službi za evropska sredstva predvsem s sistemskega vidika komuniciramo z Ministrstvom za kohezijo in regionalni razvoj (v primeru izvajanja kohezijske politike) ter z Uradom RS za okrevanje in odpornost (v primeru izvajanja Načrta mehanizma za okrevanje in odpornost). Z omenjenima inštitucijama sodelujemo pri pripravi navodil za izvajanje obeh programov ter pripravljamo interne dokumente kot pomoč vsebinsko pristojnim notranjim organizacijskim enotam v okviru ministrstva za izvajanje kohezijske politike ter Načrta za okrevanje in odpornost. Izvajamo preglede dokumentov z vidika skladnosti z Izvedbenim sklepom Sveta o odobritvi ocene načrta za okrevanje in odpornost za Slovenijo ter skladnost s Programom evropske kohezijske politike v obdobju 2021-2027 v Sloveniji.